Malkavi, każdemu należy indywidualnie tłumaczyć co należy zrobić w przypadku podobnym do Twojego. Przejrzałeś wcześniej forum? Spróbowałeś zrozumieć jak ma funkcjonować taki układ z dwoma systemami i z dwoma dyskami.
Na forum mamy gotowe rozwiązania Twojego problemu:
Dział dla początkujących
Grub - instalacja, konfiguracja i naprawa
Temat przyklejony o grubie2, poruszający i rozwiązujący wszystkie problemy z nim związane.
Temat (aktualny jeszcze), w którym poruszono podobny problem do Twojego (niewielka różnica drugi dysk zewnętrzny).
http://debian.linux.pl/threads/20350-Dw ... ewnetrznym
Poruszone kwestie do wykorzystania w Twoim przypadku.
Czy, sprawdziłeś dyski z pomocą jakiejś dystrybucji livecd Linuksa? Oczywiście nie, tylko od razu problem. Sprawdź z pomocą:
http://debian.linux.pl/threads/9479-Dys ... #post61503
Dystrybucja SuperGrub będzie odpowiednia do tego.
Odnośnie tego co przedstawiłeś to usunąłeś zawartość sektora startowego dysku z Windowsem, nadpisując go grubem i następnie usuwając. Musisz przywrócić oryginalną zawartość sektora startowego z poziomu płytki instalacyjnej posiadanego Windowsa. Jak to zrobić też jest o tym pełno opisów.