Z tego co wiem to jest problem odtwarzacza na YouTube, inne odtwarzacze, np Vimeo zdają się działać dobrze w takiej konfiguracji. Ja nie znalazłem rozwiązania, jeżeli coś znajdziesz to podrzuć.
A sprawdźcie tą wersję (10.3 r181). Podobno usuwa ten problem (chociaż podobno pod Chromium nadal nie działa). Ja jestem bez drugiego monitora więc nie mam jak sprawdzić za bardzo.
U mnie występuje ten problem tak rzadko, że w moim przypadku nie potrzeba się tym specjalnie przejmować. Ale wg mnie to tylko wina flasha, więc za dużo nie można zrobić.