Tworzenie ręcznie linka symbolicznego za każdym razem to trochę bez sensu. Może weź:
1. Podaj co masz w /etc/mysql/my.cnf w opcji socket?
2. Sprawdź, czy w jakichś plikach konfiguracyjnych directadmina nie masz wprowadzonego socketa wskazującego na folder /tmp zamiast na /var/run/mysqld (domyślnie) albo na odwrót. Myślę, że mysql chodzi sobie a Ty próbujesz uruchomić directadmina z ustawieniami, które nie są w stanie znaleźć "gniazda" mysql'a. Dlatego po wykonaniu linka symbolicznego działa bez problemu.
No to bardzo dziwne, że nie masz linii "socket". U mnie jest i to w dwóch miejscach - w sekcji client i w sekcji mysqld. Generalnie odwiedź tą stronę: http://www.comentum.com/mysql-administration.html
Przeczytaj dział "Mac OS X Server 10.4: Issues connecting PHP to MySQL", ponieważ on Ciebie dotyczy.