man cp pisze:cp - kopiuje pliki i katalogi
(..)
cp kopiuje pliki (lub, opcjonalnie, katalogi). Kopia jest całkowicie niezależna od oryginału. Można kopiować jeden plik na inny albo też kopiować dowolną liczbą plików do katalogu docelowego. Istniejące docelowe pliki są nadpisywane.
(..)
Domyślnie cp nie kopiuje katalogów (patrz opis opcji -r poniżej).
Nie chciałbym wszczynać dyskusji, lecz o ile dobrze zauważyłem antek95 zamontował partycję, (nawet jeżeli nie ma ntfs-3g, ma możliwość czytania zawartości - w tym kopiowania) lecz próbuje kopiować katalogi jako pliki (bez parametru -r czy -R).