Mam ładnie ustawione wielkości czcionek we Fluxbox (na sans-8) w pliku .fluxbox/overlay; dla aplikacji KDE też mam ustawione czcionki na 8, ale gdy odpalam jakąś aplikację napisaną pod Gnome/Gtk (np. Gimp, Code::Blocks) wszystkie czcionki (w toolbars, menu itp.) są wielkie.
Spróbuj zainstalować gtk-qt-engine, konfiguracji dokonasz w Centrum sterowania w KDE. Alternatywnie możesz skorzystać z jakich gnomowych konfiguratorów, ale z tego co widziałem są bardzo ubogie. Popatrz na radiobuttony w Firefox'ie. Styl taki jaki mam w KDE, wielkość liter też można zmienić.