Sprawdźcie czy przy aktualizacji wam się nie posypały błędy z libc6*. Na moim Jessie + MATE miałem taki przypadek dwa dni temu, po aktualizacji właśnie (w sumie to nawet w czasie aktualizacji już coś zaczęło się sypać, a skutek był taki o jakim piszecie). Taki komunikat wyskakiwał:
A copy of the C library was found in an unexpected directory:
'/lib/i386-linux-gnu/ld-2.17.so'
It is not safe to upgrade the C library in this situation;
please remove that copy of the C library or get it out of
'/lib/i386-linux-gnu' and try again.
I nic nie chciało ruszyć. Rozwiązanie tutaj -> http://forums.debian.net/viewtopic.php?f=5&t=105138
W skrócie - ręcznie trzeba wyrzucić pliki, które powodują konflikt z /lib/i386-linux/gnu/ i wtedy uruchomić aktualizację ponownie.