Może wystarczy zmienić serwer dźwięku? Bo już sam nie wiem co może powodować problem.
Edycja: Zainstalowałem pakiet linux-sound-base, który jakimś cudem nie był zainstalowany ale podczas instalacja aptitude usunął pakiet alsa-base.
Edycja 2:
Ponieważ problem z charczącym dźwiękiem nie występuje na innych dystrubucjach (testowane Sabayon, OpenSuse, Fedora) Mogę stwierdzić że błąd ten występuje tylko na Debianie Testing/Wheezy. Tym samym nadal nie jestem w stanie stwierdzic co go powodowało.