Nautilus nie zawsze wykonuje akcją związaną z naciśnięciem danego klawisza. W moim przypadku naciśnięcie klawisza ,,Delete'' nie zawsze skasuje plik. Dopiero za drugim albo trzecim razem Nautilus reaguje odpowiednio na dany klawisz. Tak samo dzieje się dla skrótu ,,Ctrl-C''. Problem jest również opisany tutaj:
https://bbs.archlinux.org/viewtopic.php?id=9725
https://bugs.launchpad.net/nautilus/+bug/495723
Nigdzie na forum nie znalazłem opisanego tego problem, więc mój wniosek jest taki, że ktoś to może naprawił w bardziej przyziemny sposób niż łatki podane w linkach.
Oczywiście inne menadżery plików nie mają tego problemu.