Spróbuj zainstalować z repozytoriów Wheezy / testing.

Spróbuj włączyć/wyłączyć w ustawieniach VB USB 2.0 (EHCI).

To mimo wszystko zresetuj komputer i sprawdź czy pomoże?

Aktualnie korzystam z systemu operacyjnego Windows i nie mam jak sprawdzić, ale popatrz czy jesteś w odpowiedniej grupie. Prawdopodobnie virtualbox utworzył specjalną grupę, coś w stylu vbox.
Jak się do tej grupy dopiszesz to najlepiej zresetuj komputer, aby wczytał nowe ustawienia.

Też miałem problemy z USB w VB 3.x, w nowszych wersjach nie mam już żadnych problemów z USB.
Nie powinno być żadnych problemów z aktualizacją do nowej wersji VirtualBoxa o ile nie trzymasz obrazów maszyn w dziwnym miejscu jak:

/usr/lib/virtualbox/

Jeśli chcesz na Linuksie (na swoim komputerze) zrobić to samo co na Windowsie przez putty, to wystarczy poustawiać odpowiednie flagi podczas łączenia się przez SSH.
W Twoim przypadku połączenie SSH będzie wyglądało tak:
ssh <serwer_z_zew_IP> -D 1990 -L 443:172.20.40.1:443 -L 902:172.20.40.1:902
Po ...

Ten "przykład" do putty dotyczy tunelowanie lokalnego czy zdalnego i na jakiej maszynie?

Na mój gust trochę namieszałaś pisząc tego posta. Jeśli możesz się z zewnątrz zalogować przez SSH na "serwer z zew nętrznego numeru IP", to nie powinno być z tym żadnych kłopotów, a rozwiązanie sama napisałaś ...

Może tu będzie:
http://ftp.debian-ports.org/debian/pool ... -7_sh4.deb

Jeśli chcesz przekopiować pliki z jednego serwera FTP na drugi, bez przesyłania danych na Twój komputer, to musisz włączyć funkcję FXP w (chyba) obu serwerach plików. Bez tej opcji pliki będą przesyłane za pośrednictwem Twojego komputera.
Co do ustawień klienta FTP to nie wiem, czy wszystkie ...

Poddaje się. Może zainstaluj jeszcze raz całą konfigurację od nowa.

PS. Spróbuj jeszcze usunąć Suhosin (php5-suhosin).