Prześlij przykładowy skrypt, pewnie coś w nim jest kopnięte.

Może prawa do pliku .htaccess są zwalone, prześlij co masz w errorlogu

Ja bym dodał jeszcze

Musisz skonfigurować suexeca przy virtualce, z tego co wiem to Debian standardowo suexeca ma skompilowanego na katalog /var/www, jeśli trzymasz virtualki w innym musisz go przekompilować.

Sprawdzenie suexec:

Na moje oko to musisz jeszcze skonfigurować binfmt

instalacja:
apt-get install binfmt-support

do fstab:
none /proc/sys/fs/binfmt_misc binfmt_misc rw 0 0

potem skrypt binfmt.sh
insmod binfmt_misc
mount /proc/sys/fs/binfmt_misc
echo ' :p hp:E: :p hp::/usr/bin/php5-cgi:' >/proc/sys/fs/binfmt ...

Prawdopodobnie coś zostało usunięte, ale serwer to trzyma jeszcze i nie puszcza

Tak jak z logami jeśli usuniesz logi i nie zrobisz restartu danej usługi to miejsce się nie zwolni.

mariaczi to się nazywa lock

Raczej wątpię, żeby to była wina systemu.

Co pokazuje:

zgadzam się, choć pamięci nigdy za dużo, przyda się do spamassasina itd.

Napisz tu namiary na serwer dedykowany.