Jeżeli nie stworzyłeś na starcie to musisz stworzyć macierz (programową) na nowo podpiętym dysku, skopiować tam dane, np. za pomocą rsync, zmieniając co trzeba i instalując GRUB-a gdzie trzeba, potem musisz uruchomić system z macierzy i dołączyć do niej ten wcześniejszy dysk żeby go zsynchronizowała.
To chyba najprostszy sposób na działającym systemie, testowany i działa

Co do kopii na dysk USB - wykorzystałbym do tego wspomniany wyżej rsync.