Tworzymy tutaj pliki z konfiguracją dla domeny bądź każdego virtual hosta. Zależy to od upodobań
Co masz dokładnie na myśli pisząc "alias". W apache może to się odnosić np. do "ServerAlias" badź "Alias".
To co przedstawiłeś to subdomeny. Twoja domena to mojadomena.pl. Łatwiejsze zarządzanie da ci utworzenie dla każdej tej subdomeny, a tym samym virtual hosta, osobnego pliku konfiguracyjnego. Dlaczego? - ponieważ możesz zechcieć np. w którymś momencie wyłączyć/włączyć jedną z nich i zrobisz wtedy