Uprawnienia - podłączenie do FTP po stronie serwera działa na tych uprawnieniach jakie przyznałeś uruchamiając usługę, jeżeli nie ma ten użytkownik prawa do pewnych plików to nic z nimi nie zrobi.
Poza tym w konfiguracji masz opcje np zabronienia usuwania katalogów - jak dobrze pamiętam, bo ostatni serwer ftp stawiałem chyba z 10 lat temu.
Poza tym najważniejsze - LOGI - prawdę Ci powiedzą.