Niektore terminale maja taka mozliwosc, w swoich opcjach np. tilda (nie wiem czy akurat urxvt tak ma). Jesli nie ma w opcjach w okienku zajrzyj do jego pliku konfiguracyjnego jest szansa, ze tam jakas opcja moze za to odpowiadac.
O ile dobrze pamiętam to fluxbox udostępnia możliwość zapamiętania pozycji okna. Kliknij prawym na belke tytułową urxvt i tam w menu poszukaj Remember > Position (nie pamietam dokładnie).
