miałem ten sam problem zainstalowalem DejaVu fonty w centrum sterowanie zmieniłem cziocnke i aplikacje, w którch czcionka się nie zmieniła reconfigurowałem za pomoca dpkg-reconfigure
peredhil, sprawdź, czy masz w systemie Bitstream Vere. Jeśli tak, to wywal i zainstaluje DejaVu. Wlasnie po ktorymś z ostatnich upgradów też mi sie polskie fonty posypały (kwadraty zamiast PLiterek) i winę ponosiła właśnie Bitstream Vera (domyślna czcionka sans-serif w systemie).