Możesz też spróbować wykorzystać apache (na innych serwerach http też się da) na pierwszej maszynie do działania w trybie proxy dla pewnych podstron i przekierowywać w ten sposób ruch na drugi serwer: http://httpd.apache.org/docs/2.0/vhosts ... html#proxy

Wygląda w porządku. A co się pojawia w logach jak robisz:

A co pokazuje po restarcie?

Po co generowałeś nową konfigurację? Domyślna po instalacji jest wystarczająco dobra. rndc potrzebuje wystawienia portu do komunikacji + jakieś pseudo hasło - jeśli tego nie ma to nie może się podłączyć do demona. W domyślnej konfiguracji działa to prawidłowo, jak namieszałeś to szukaj w dokumentacj...

Proponuję skonfigurowanie sudo tak aby grupie bind dawało możliwość wywołania rndc reload - tyla

Co chcesz osiągnąć szyfrując te pliki? Jaki jest cel? Ograniczenie dostępu dla nieporządnych użytkowników?

A pamięci sprawdzałeś - jakimś memtestem np.?

To mogą być też błędy pamięci w kontrolerze.

Różnią się wydajnością bo są z partycji w różnych miejscach na dysku. Różne miejsca na dysku mają różną wydajność.

No i kulturka - tak ma być.
Powinieneś być w stanie kopiować pliki z prędkością ok 100MB/s