Dzisiaj miałem to samo, po czystej instalacji Ubuntu 9.04.
Do rzeczy:
Odpal w konsoli: sudo apt-get remove swfdec-mozilla
A potem:
sudo apt-get install flashplugin-nonfree
Męczyłem się z tym kilka godzin, ale ta metoda zadziałała.
Do autorów swfdec: większego ,,cukierka'' nie spotkałem w Linuksie ...