Możliwe, że po usunięciu pliku z pendrive'a przenoszony jest on do ukrytego katalogu .Trash-1000 (na penie).
Wyświetl katalogi ukryte (CTRL+H) i usuń ręcznie.

W pliku /etc/apache2/sites-available/default należy dodać tzw. virtual host . O ile się nie mylę mniej więcej w takiej konfiguracji

<Directory /home/login/www/strona/>
AllowOverride All
Options None
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>

Można poczytać informacje znalezione z pomocą ...

10GB na partycję systemową /
2GB na plik wymiany swap
reszta na /home

Domyślnie na partycji systemowej serwer apache będzie szukał stron (var/www), ale to można skonfigurować i umieszczać strony w katalogu domowym (np. /home/login/www).

Nie jest to przypadkiem wina notatnika?
A tak w ogóle co to za "notatnik"? Konsolowy nano czy też może gedit?

Ctrl+shitf+c

Witam
Czy poradziłeś sobie jakoś z tym problemem? Pytam, bo u mnie występuje dokładnie to samo zachowanie.