Dzięki za pomoc,
otrzymałem od administratora info że instalowanie certyfikatu SSL z poziomu SSH nie jest kompatybilne z panelem DirectAdmin i generuje konflikty wewnątrz systemu, dlatego na jakiś czas zrezygnowałem z https dla domeny, jak wyjdzie nowe uaktulnienie dla DirectAdmin zostałem ...

Dzięki za odpowiedź, instalowałem wg schematu

apt-get install git
git clone https://github.com/letsencrypt/letsencrypt /opt/letsencrypt
/opt/letsencrypt/letsencrypt-auto
/opt/letsencrypt/letsencrypt-auto certonly -a webroot -w ..........

certyfikat ładnie się wygenerował jednak w trakcie ...

Próbowałem zainstalować na serwerze (debian 7 ) certyfikat letsencrypt, wszystko przebiegło raczej prawidłowo tylko przy restarcie httpd otrzymuję taki komunikat Starting httpd: /usr/sbin/httpd: symbol lookup error: /usr/sbin/httpd: undefined symbol: SSL_CONF_CTX_new

nie bardzo wiem o co chodzi ...