Pisałeś, że "Mam Linux mx 25 a w nim Debian 13" założyłem więc, że Debian jest wirtualką w Linux MX 25.

Sęk w tym, że to dotyczy Debiana wewnątrz Linux MX, więc to są dwa odrębne systemy plików.

W jaki sposób zainstalowałeś Debiana wewnątrz MX Linux?

i

Możesz w ostateczności ręcznie usunąć ten plik blokady, jeśli jesteś pewien, że nic nie pracuje w tle z paczkami.

Jest ok

Na moje oko wszystko jest w porządku.
Możesz jeszcze spróbować:

Takie długi logi to wrzucaj na serwisy typu pastebin, prościej takie coś analizować.
Ja tam od razu widzę błąd związany z nvidia i info gdzie szykać szczegółów.
[FAILED] Failed to start nvidia-persistenced.service - NVIDIA Persistence Daemon
Ogólnie spróbowałbym wyłączyć tą usługę, a sterowniki ...

Na przyszłość rób sobie migawki systemu, łatwiej będzie wrócić do stanu poprzedniego.
Nvidia + Linux + instalacja sterowników nv często generuje różne problemy.
{FAILED] systemd-modules-load.service - Load Kernel Module
to sugeruje, choć komunikat nie wskazuje wprost na nv, że dkms nie zbudował ...

Potrzebne logi z instalacji i linki do sterowników, których używałeś.