Użyj dystrybucji clonezilla. Doskonale klonuje całe dyski

Trochę już nieaktualne bo z 2021 roku. Ale pokazuje moc FreeBSD i zfs
https://people.freebsd.org/~gallatin/talks/euro2021.pdf

Skonfigurowales apache do działania z php?

Usuń wszystkie sterowniki do sprzetu, którego nie posiadasz zainstalowanych w komputerze

Spróbuj Aby doinstalowało brakujące pakiety
Albo polecenie reinstalujace baze.

Ta baza jest pusta czy stworzyłeś/imprtowalas już jakieś bazy?

Poszukaj jakie masz dostępne kernele do instalacji. Jeśli jest dostępna starsza wersja to ja zainstaluj. Zresetuj komputer na tym kernelu. Jak będzie działać to zablokuj pakiet kernel, który działa, a nie działający odinstaluj. Ewentualnie trzymaj dwa kernele ale ustaw w grub który ma się uruchamiać...

Próbowałeś tego? key_buffer_size=33554432 read_buffer_size=131072 max_used_connections=0 max_threads=151 thread_count=0 connection_count=0 It is possible that mysqld could use up to key_buffer_size + (read_buffer_size + sort_buffer_size)*max_threads = 363085 K bytes of memory Hope that's ok; if not,...

zmniejsz jeśli się da na jakość HD i zobacz jak procesor się będzie zachowywał. Jeśli będzie ok to znaczy że procesor to wąskie gardło i nie wyrabia przy 4x lepszej jakości. Jeśli nie ma zmiany to trzeba szukać w czymś innym