Miałem identyczne problemy z Debianem 6 przeniesionym z fizycznego serwera do kontenera.

Prawdopodobnie przyczyną problemów było jądro zainstalowane w kontenerze.

Pierwszym objawem kłopotów było pojawienie się błędów screena.
Dla roota screen wyświetlał:
/bin/sh/ can't access tty; job control ...